Der Aufsichtsrat (Governing Board) ist das traditionelle Führungsorgan des International Ocean Institute. Es setzt sich aus maximal 15 Personen zusammen, die anerkannte Experten in verschiedenen Gebieten des Ocean Governance sind und möglichst gleichmäßig die verschiedenen Regionen der Erde repräsentieren sollen. Aus ihrer Mitte wählen sie den Präsidenten, der das IOI leitet und es nach außen hin repräsentiert. Das tägliche Geschäft liegt in der Hand eines Geschäftsführers, dem die Geschäftsstelle in Malta untersteht.

 Das zweite wichtige Instrument des IOI ist sein Netzwerk aus Außenstellen (Operational Centres). Momentan gibt es 25 solcher Außenstellen, die mehr oder weniger gleichmäßig über alle Kontinente verteilt sind. Diese Außenstellen sind an Forschungsinstituten und Universitäten angesiedelt, die dem IOI dafür eine Infrastruktur zur Verfügung stellen und über die auch Verbindungen zu Nachbarinstituten laufen können.

Das gesamte Netzwerk wird durch ein Direktoren-Kommittee vertreten, in dem 14 gewählte Direktoren sitzen, und das bei regelmäßigen Treffen anstehende programmatische und strukturelle Fragen diskutiert. Über dieses Netzwerk haben die Außenstellen und damit auch die ihnen verbundenen Institute und Universitäten die Möglichkeit, sich an gemeinsamen Projekten und Programmen zu beteiligen.

Die Geschäftsführung (Executive Committee) setzt sich im Wesentlichen aus dem Vorsitzenden des Direktoren-Kommittees, dem Präsidenten, dem Geschäftsführer, dem Schatzmeister sowie weiteren Vertretrern des Aufsichtsrats zusammen und ist ein Entscheidungsgremium, das den Präsidenten und Geschäftsführer berät.