Der Aufsichtsrat (Governing Board) ist das traditionelle Führungsorgan des International Ocean Institute. Es setzt sich aus 6 Personen zusammen, die anerkannte Experten in verschiedenen Gebieten des Ocean Governance sind und möglichst gleichmäßig die verschiedenen Regionen der Erde repräsentieren sollen. Der Aufsichtsrat wählt einen Präsidenten (P), der das IOI leitet und es nach außen hin repräsentiert, sowie einen Vizepräsidenten (V). Das tägliche Geschäft liegt in der Hand eines Geschäftsführers, dem die Geschäftsstelle in Malta untersteht.

 

Die Mitglieder des Aufsichtsrats gehören gleichzeitig der Steuergruppe des IOI an, in der fünf Direktoren als Repräsentanten der Operationszentren vertreten sind. Der Sprecher (C) dieser fünf Repräsentanten ist auch Mitglied des Aufsichtsrats. Außerdem soll einer der Aufsichtsratsmitglieder als Schatzmeister (T) fungieren.

Das zweite wichtige Instrument des IOI ist sein Netzwerk aus Außenstellen (Operational Centres). Momentan gibt es 22 solcher Außenstellen, die mehr oder weniger gleichmäßig über alle Kontinente verteilt sind. Diese Außenstellen sind an Forschungsinstituten und Universitäten angesiedelt, die dem IOI dafür eine Infrastruktur zur Verfügung stellen und über die auch Verbindungen zu Nachbarinstituten laufen können. Sogenannte "Focal Points" sind in der Regel einzelne Wissenschaftler, die sich den Zielen des IOI verbunden fühlen und diese in ihrer Arbeit vertreten. Häufig sind es ehemalige Teilnehmer aus IOI-Kursen, Alumnis.

Die Geschäftsführung (Executive Committee) setzt sich im Wesentlichen aus dem Vorsitzenden des Direktoren-Kommittees, dem Präsidenten, dem Geschäftsführer, dem Schatzmeister sowie weiteren Vertretrern des Aufsichtsrats zusammen und ist ein Entscheidungsgremium, das den Präsidenten und Geschäftsführer berät.